Mozartovo tajemství v nádherném barokním refektáři

Karel IV. klášter založil na základě privilegia papeže Klimenta IV. z 9. května 1346. Ke klášteru Karel založil v roce 1371 kostel zasvěcený Panně Marii, svatému Jeronýmovi, slovanským věrozvěstům Cyrilu a Metodějovi a českým světcům Vojtěchovi a Prokopovi.

Klášter fungoval i v době husitské, kdy unikl vyplenění. Husité jej v roce 1419 převzali a jako v jediném českém klášteře se zde praktikovalo přijímání podobojí, a to až do roku 1589. Začátkem 17. století, za vlády Rudolfa II., byl klášter obnoven jako katolický. Po vyhoštění benediktinské komunity z Československa v roce 1919 byl klášter krátce v majetku hudební konzervatoře. O rok později se beuronští benediktini vrátili a obnovili slovanskou liturgii.

V roce 1942 gestapo mnichy vyhnalo a klášter sloužil jako vojenský lazaret. Při spojeneckém náletu na Prahu 14. února 1945 byla poničena budova kostela a klenby klášterní budovy, opravy proběhly v 1. polovině 50. let.

V roce 1950 byl klášter zestátněn a v 50. letech připadl Československé akademii věd. Po roce 1989 získalo zpět budovy kláštera i kostel Benediktinské opatství v Emauzích. V roce 1995 byla ukončena jedna etapa rekonstrukce kláštera. V roce 2003 byla dokončena rekonstrukce kostela, posvěcen nový oltář a první mše se konala symbolicky na velikonoční pondělí 21. dubna 2003.

Klášter nevypadl vždy tak, jak jej dnes známe – až poté co areál kláštera utrpěl vážné škody v únoru 1945, bylo přistoupeno v letech 1953 – 1954 k rekonstrukci kleneb podle návrhů profesora Bedřicha Hacara. Podle projektu architekta Františka Marii Černého byla provedena rekonstrukce kostela, při níž pobořené věže nahradila betonová křídla s pozlacenými hroty.